中国共产党党员、著名农业科学家、作物遗传学家、教育家、中国科学院院士、华南农业大学原校长、离休干部卢永根同志因病于2019年8月12日4时41分在广州不幸与世长辞，享年89岁。根据卢永根院士本人生前遗愿，丧事从简，不举行遗体告别仪式。他的遗体已无偿捐献给医学研究和医学教育事业。
8月13日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平通过中共中央办公厅转达对卢永根院士逝世的哀悼，并向其家属表示慰问。
中共中央政治局常委、国务院总理李克强通过国务院办公厅转达对卢永根院士逝世的哀悼，并向其家属表示慰问。
温家宝、张德江、李岚清、吴官正、陈至立、刘延东、罗富和等通过中国科学院转达对卢永根院士逝世的哀悼，并向其家属表示慰问。
中央政治局委员、中央组织部部长陈希及班子其他成员，国务委员、国务院秘书长肖捷，全国人大常委会副委员长王晨，全国人大常委会副委员长、民盟中央主席丁仲礼等委托中国科学院致电，对卢永根院士的逝世表示哀悼，对其亲属表示慰问。
广东省委书记李希，广东省委副书记、省长马兴瑞，省委常委、省委组织部部长张义珍及省直有关部门负责同志等以不同方式对卢永根院士的逝世表示哀悼，对其亲属表示慰问。
中国科学院院长白春礼发来唁电，代表中国科学院和中国科学院学部主席团，并以个人名义，对卢永根院士的逝世表示沉痛哀悼，向其亲属致以诚挚慰问。
中国工程院副院长、中国工程院院士刘旭，中国科学院生命科学和医学学部主任陈宜瑜，中国科学院院士谢联辉，中国科学院院士谢华安，中国工程院院士傅廷栋，中国科学院院士张启发，中国工程院院士罗锡文，中国科学院院士刘耀光，扬州大学原校长顾铭洪，扬州大学农学院院长严长杰，扬州大学农学院作物遗传育种学科带头人梁国华等发来唁电。
广东省委、省政府，教育部，中国侨联，中国科学院学部主席团，中国科学院学部工作局，中国科学院生命科学和医学学部，中国水稻研究所，中国农业科学院作物科学研究所，广东省科技厅，广东省农业农村厅，广东省林业局，广东省侨联，中国作物学会，中国遗传学会，广东院士联合会，华中农业大学，西北农林科技大学，福建省农业科学院，沈阳农业大学，青岛农业大学，南京农业大学，南京林业大学，湖南农业大学，安徽农业大学，扬州大学，山东农业大学，江西农业大学，新疆农业大学，华南理工大学，广东外语外贸大学，广东海洋大学，天津农学院，中山大学昆虫学研究所，福建农林大学作物科学学院，广州市花都区花城街罗洞小学等单位发来唁电或唁函。广东省科学技术协会发来唁电，有关负责同志登门慰问家属。
卢永根院士住院期间，李希、邹铭、黄宁生等省领导到病房看望。时任国务院副总理刘延东委托国家卫计委有关负责同志到病房看望慰问。省委教育工委书记、省教育厅厅长景李虎，省科协党组书记郑庆顺，省科技厅厅长王瑞军，省委组织部副部长廉奕，以及李大胜、刘雅红等校领导多次前往医院看望慰问。卢永根院士夫人、离休干部徐雪宾教授一直在病房陪护。
卢永根院士的亲朋好友、同事、学生也纷纷发来唁电、唁函或登门慰问家属。中美水稻界同行三百余人联名吊唁。